Đồi Cổ Thạch sở hữu một hệ thống rất nhiều giếng cổ nằm rải rác khắp nơi trên đồi. Hiện tại, có thể kể đến những giếng tiêu biểu như sau: Giếng Gộp, Giếng Động, Giếng Xóm 9, Giếng Mẹ Bồng Con hay còn gọi là Giếng Cầu Ao (gồm 02 giếng nằm sát nhau, một giếng lớn, một giếng nhỏ). Riêng xóm 9 là nơi có nhiều giếng cổ nhất, khoảng 4 đến 5 giếng có tuổi đời lên đến hàng trăm, thậm chí cả nghìn năm tuổi.
Dù nằm trên đồi cao nhưng những chiếc giếng này có nguồn nước cực kỳ dồi dào kể cả mùa khô lẫn mùa mưa. Riêng giếng Mẹ bồng Con hay còn gọi là Giếng Cầu Ao có thể uống trực tiếp bởi nước giếng cực kỳ mát và ngọt.